Clasificación por Especies.
| Clase | Orden | Familia | Hábito | N. científico | N. común | |
| 1 | Coniferopsida(o Pinopsyta) | Pinales | Araucariaceae | Arbóreo | Araucaria araucana | Araucaria |
| 2 | Filicopsida | Filicales | Oleandraceae | Herbáceo | Arthropteris altescandens | Helecho |
| 3 | Filicopsida | Polypodiales | Aspleniaceae | Herbáceo | Asplenium macrosorum | Helecho |
| 4 | Filicopsida | Polypodiales | Aspleniaceae | Herbáceo | Asplenium stellatum | Helecho |
| 5 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Austrocactus patagonicus | cactus patagónico |
| 6 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Austrocactus philippii | hiberno |
| 7 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Austrocactus spiniflorus | espinifloro |
| 8 | Coniferopsida (o Pinopsyta) | Pinales | Cupressaceae | Suculenta | Austrocedrus chilensis | Ciprés de la Cordillera |
| 9 | Magnoliopsida | Malpighiales | Euphorbiaceae | Arbustivo | Avellanita bustillosii | Avellanita |
| 10 | Magnoliopsida | Apiales | Apiaceae | Cojín | Azorella compacta | Llareta |
| 11 | Magnoliopsida | Laurales | Lauraceae | Arbóreo | Beilschmiedia berteroana | belloto del sur |
| 12 | Magnoliopsida | Laurales | Lauraceae | Arbóreo | Beilschmiedia miersii | belloto del norte |
| 13 | Magnoliopsida | Berberidopsidales | Berberidopsidaceae | Arbustivo | Berberidopsis corallina | Michay rojo |
| 14 | Magnoliopsida | Ranuncales | Berberidaceae | Arbustivo | Berberis litoralis | Michay de paposo |
| 15 | Magnoliopsida | Berberidales | Berberidaceae | Arbustivo | Berberis negeriana | michay de Neger |
| 16 | Liliopsida | Orchidales | Orchidaceae | Geófita | Bipinnula taltalensis | orquídea de Paposo |
| 17 | Filicopsida | Polypodiales | Blechnaceae | Arbustivo | Blechnum cycadifolium | Helecho |
| 18 | Filicopsida | Polypodiales | Blechnaceae | Herbáceo | Blechnum longicauda | Helecho |
| 19 | Filicopsida | Polypodiales | Blechnaceae | Herbáceo | Blechnum mochaenum var. fernandezianum | Helecho |
| 20 | Filicopsida | Polypodiales | Blechnaceae | Herbáceo | Blechnum schottii | Helecho |
| 21 | Liliopsida | Alstroemeriales | Alstroemeriaceae | Geófita | Bomarea dulcis | |
| 22 | Liliopsida | Alstroemeriales | Alstroemeriaceae | Geófita | Bomarea involucrosa | |
| 23 | Liliopsida | Iridales | Iridaceae | Geófita | Calydorea xiphioides | |
| 24 | Magnoliopsida | Violales | Caricaceae | Arbustivo | Carica chilensis | Palo Gordo |
| 25 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Centaurodendron dracaenoides | |
| 26 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Centaurodendron palmiforme | |
| 27 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Chenopodiaceae | Arbustivo | Chenopodium crusoeanum | |
| 28 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Chenopodiaceae | Herbáceo | Chenopodium nesodendron | |
| 29 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Chenopodiaceae | Arbustivo | Chenopodium sanctae-clarae | Chenopodio |
| 30 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Copiapoa ahremephiana | cactus |
| 31 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Copiapoa aphanes | cactus |
| 32 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Copiapoa hypogaea | bajotierra |
| 33 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Copiapoa laui | cactus |
| 34 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Copiapoa megarhiza | cactus raizón |
| 35 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Copiapoa montana | cactus |
| 36 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Copiapoa solaris | cactus solar |
| 37 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Copiapoa taltalensis | cactus |
| 38 | Magnoliopsida | Lamiales | Boraginaceae | Arbustivo | Cordia decandra | Carbonillo, mendoza |
| 39 | Magnoliopsida | Euphorbiales | Euphorbiaceae | Arbustivo | Croton chilensis | higuerilla de Paposo |
| 40 | Magnoliopsida | Fabales | Fabaceae | Subarbusto | Dalea azurea | Dalea |
| 41 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Dasyphyllum excelsum | Tayú |
| 42 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Dendroseris berteroana | Col de Juan Fernández |
| 43 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Dendroseris gigantea | |
| 44 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Dendroseris litoralis | Col de Juan Fernández |
| 45 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Dendroseris macrantha | Colecillo |
| 46 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Dendroseris macrophylla | Colecillo |
| 47 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Dendroseris marginata | Colecillo |
| 48 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Dendroseris micrantha | Col de Juan Fernández |
| 49 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Dendroseris neriifolia | Colecillo |
| 50 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Dendroseris pinnata | Col de Juan Fernández |
| 51 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Dendroseris pruinata | Col de Juan Fernández |
| 52 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Dendroseris regia | |
| 53 | Liliopsida | Bromeliales | Bromeliaceae | Suculenta | Deuterocohnia chrysantha | Chaguar del jote |
| 54 | Filicopsida | Polypodiales | Dicksoniaceae | Arbóreo | Dicksonia berteroana | Dicksonia |
| 55 | Filicopsida | Polypodiales | Dicksoniaceae | Arbóreo | Dicksonia externa | Dicksonia |
| 56 | Magnoliopsida | Lamiales | Acanthaceae | Subarbusto | Dicliptera paposana | |
| 57 | Magnoliopsida | Canellalles | Winteraceae | Arbóreo | Drimys confertifolia | Canelo de Juan Fernández |
| 58 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Echinopsis bolligeriana | quisco de los acantilados |
| 59 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Echinopsis ferox | cactus |
| 60 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Echinopsis glauca | Cacto |
| 61 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Erigeron fernandezianus | |
| 62 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Erigeron ingae | |
| 63 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Erigeron luteoviridis | |
| 64 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Erigeron rupicola | |
| 65 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Eriosyce iquiquensis | Iquiqueño |
| 66 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Eriosyce islayensis | cactus |
| 67 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Eriosyce laui | cactus |
| 68 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Eulychnia iquiquensis | copao de Iquique |
| 69 | Magnoliopsida | Rutales | Rutaceae | Arbóreo | Fagara externa | Naranjillo |
| 70 | Magnoliopsida | Rutales | Rutaceae | Arbóreo | Fagara mayu | Naranjillo |
| 71 | Coniferopsida(o Pinopsyta) | Pinales | Cupressaceae | Arbóreo | Fitzroya cupressoides | Alerce |
| 72 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Herbáceo | Gamochaeta fernandeziana | |
| 73 | Liliopsida | Orchidales | Orchidaceae | Herbáceo | Gavilea insularis | Orquídea de Selkirk |
| 74 | Filicopsida | Polypodiales | Gleicheniaceae | Herbáceo | Gleichenia lepidota | Helecho |
| 75 | Magnoliopsida | Laurales | Gomortegaceae | Arbóreo | Gomortega keule | Queule |
| 76 | Liliopsida | Bromeliales | Bromeliaceae | Herbáceo | Greigia berteroi | greigia |
| 77 | Magnoliopsida | Cornales | Griseliniaceae | Subarbusto | Griselinia carlomunozi | |
| 78 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Haageocereus australis | Cacto |
| 79 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Haplopappus taeda | bailahuén |
| 80 | Filicopsida | Polypodiales | Hymenophyllaceae | Herbáceo | Hymenophyllum cuneatum var. rariforme | Helecho película |
| 81 | Filicopsida | Polypodiales | Hymenophyllaceae | Herbáceo | Hymenophyllum rugosum | Helecho película |
| 82 | Liliopsida | Arecales | Arecaceae | Arbóreo | Juania australis | Chonta |
| 83 | Liliopsida | Arecales | Arecaceae | Arbóreo | Jubaea chilensis | Palma chilena |
| 84 | Magnoliopsida | Polygalales | Krameriaceae | Arbustivo | Krameria cistoidea | Pacul |
| 85 | Magnoliopsida | Magnoliales | Lactoridaceae | Arbustivo | Lactoris fernandeziana | Falsa pimienta, lactoris de Juan Fernández |
| 86 | Magnoliopsida | Apiales | Apiaceae | Cojín | Laretia acaulis | Llaretilla |
| 87 | Magnoliopsida | Myrtales | Myrtaceae | Arbóreo | Legrandia concinna | Luma del Norte |
| 88 | Liliopsida | Alstroemeriales | Alstroemeriaceae | Geófita | Leontochir ovallei | garra de león |
| 89 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Maihueniopsis crassispina | cactus |
| 90 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Maihueniopsis domeykoensis | cactus |
| 91 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Maihueniopsis grandiflora | cactus |
| 92 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Maihueniopsis nigrispina | Cacto |
| 93 | Magnoliopsida | Caryophyllales | Cactaceae | Suculenta | Maihueniopsis wagenknechtii | cactus |
| 94 | Magnoliopsida | Malpighiales | Malesherbiaceae | Arbustivo | Malesherbia tenuifolia | |
| 95 | Magnoliopsida | Malpighiales | Malesherbiaceae | Arbóreo | Malesherbia tocopillana | farolito |
| 96 | Filicopsida | Polypodiales | Dryopteridaceae | Herbáceo | Megalastrum inaequalifolium | Helecho |
| 97 | Magnoliopsida | Scrophulariales | Oleaceae | Subarbusto | Menodora linoides | linacillo |
| 98 | Magnoliopsida | Linales | Zygophyllaceae | Metharme lanata | Metarma | |
| 99 | Magnoliopsida | Scrophulariales | Scrophulariaceae | Arbustivo | Monttea chilensis | Uvillo |
| 100 | Magnoliopsida | Myrtales | Myrtaceae | Arbóreo | Myrceugenia fernandeziana | Luma de Masatierra |
| 101 | Magnoliopsida | Myrtales | Myrtaceae | Arbóreo | Myrceugenia schulzei | Luma de Masafuera |
| 102 | Magnoliopsida | Myrtales | Myrtaceae | Arbustivo | Myrcianthes coquimbensis | mirciantes, lucumillo |
| 103 | Magnoliopsida | Myricales | Myricaceae | Arbóreo | Myrica pavonis | Pacama |
| 104 | Magnoliopsida | Fagales | Nothofagaceae | Arbóreo | Nothofagus alessandrii | Ruil |
| 105 | Magnoliopsida | Fagales | Nothofagaceae | Arbóreo | Nothofagus glauca | Hualo |
| 106 | Filicopsida | Filicales | Adiantaceae | Herbáceo | Notholaena chilensis | Helecho |
| 107 | Liliopsida | Bromeliales | Bromeliaceae | Herbáceo | Ochagavia elegans | Ajo dulce |
| 108 | Filicopsida | Ophioglossales | Ophioglossaceae | Herbáceo | Ophioglossum fernandezianum | Helecho |
| 109 | Magnoliopsida | Laurales | Lauraceae | Arbóreo | Persea lingue | Lingue |
| 110 | Magnoliopsida | Rutales | Rutaceae | Arbóreo | Pitavia punctata | Pitao |
| 111 | Liliopsida | Amaryllidales | Amaryllidaceae | Geófita | Placea lutea | macaya amarilla |
| 112 | Magnoliopsida | Plantaginale | Plantaginaceae | Arbustivo | Plantago fernandezia | Plantago de Juan Fernández |
| 113 | Magnoliopsida | Rosales | Rosaceae | Arbóreo | Polylepis rugulosa | Queñoa |
| 114 | Magnoliopsida | Rosales | Rosaceae | Arbóreo | Polylepis tarapacana | Queñoa de altura |
| 115 | Filicopsida | Polypodiales | Polypodiaceae | Herbáceo | Polypodium intermedium subsp. intermedium | Helecho |
| 116 | Filicopsida | Polypodiales | Polypodiaceae | Herbáceo | Polypodium intermedium subsp. masafueranum | Helecho |
| 117 | Filicopsida | Polypodiales | Dryopteridaceae | Herbáceo | Polystichum tetragonum | Helecho |
| 118 | Magnoliopsida | Sapindales | Zygophyllaceae | Arbustivo | Porlieria chilensis | Guayacán |
| 119 | Magnoliopsida | Ericales | Sapotaceae | Arbustivo | Pouteria splendens | lúcumo |
| 120 | Filicopsida | Polypodiales | Pteridaceae | Herbáceo | Pteris berteroana | Helecho |
| 121 | Liliopsida | Bromeliales | Bromeliaceae | Suculenta | Puya venusta | Chagualillo |
| 122 | Magnoliopsida | Lamiales | Verbenaceae | Arbóreo | Rhaphithamnus venustus | Juan Bueno, arrayán macho |
| 123 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Robinsonia berteroi | Resino hembra |
| 124 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Robinsonia evenia | |
| 125 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Robinsonia gayana | Resino hembra |
| 126 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Robinsonia gracilis | Resinillo |
| 127 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Robinsonia macrocephala | Incienso |
| 128 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Robinsonia masafuerae | |
| 129 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Robinsonia saxatilis | Robinsonia de las rocas |
| 130 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Robinsonia thurifera | Resino macho |
| 131 | Filicopsida | Polypodiales | Dryopteridaceae | Herbáceo | Rumohra berteroana | Helecho |
| 132 | Magnoliopsida | Santalales | Santalaceae | Arbóreo | Santalum fernadezianum | Sándalo de Juan Fernández |
| 133 | Magnoliopsida | Lamiales | Boraginaceae | Herbáceo | Selkirkia berteroi | |
| 134 | Filicopsida | Polypodiales | Hymenophyllaceae | Herbáceo | Serpyllopsis caespitosa var. fernandeziana | Helecho |
| 135 | Magnoliopsida | Solanales | Solanaceae | Herbáceo | Solanum lycopersicoides | Tomate silvestre |
| 136 | Magnoliopsida | Solanales | Solanaceae | Herbáceo | Solanum sitiens | Tomate silvestre |
| 137 | Magnoliopsida | Fabales | Fabaceae | Arbustivo | Sophora fernandeziana | Madera dura, mayú monte |
| 138 | Magnoliopsida | Fabales | Fabaceae | Arbustivo | Sophora masafuerana | Pelú de Juan Fernández |
| 139 | Magnoliopsida | Fabales | Fabaceae | Arbustivo | Sophora toromiro | Toromiro |
| 140 | Liliopsida | Asparagales | Tecophilaeaceae | Herbáceo | Tecophilea cyanocrocus | Azulillo |
| 141 | Filicopsida | Polypodiales | Dicksoniaceae | Arbustivo | Thyrsopteris elegans | Tirsopteris |
| 142 | Liliopsida | Bromeliales | Bromeliaceae | Suculenta | Tillandsia tragophoba | |
| 143 | Filicopsida | Polypodiales | Hymenophyllaceae | Herbáceo | Trichomanes ingae | Helecho |
| 144 | Filicopsida | Polypodiales | Hymenophyllaceae | Herbáceo | Trichomanes philippianum | Helecho |
| 145 | Magnoliopsida | Myrtales | Myrtaceae | Arbustivo | Ugni selkirkii | Murtillo |
| 146 | Magnoliopsida | Hydrangeales | Escalloniaceae | Subarbusto | Valdivia gayana | valdivia |
| 147 | Magnoliopsida | Asterales | Campanulaceae | Herbáceo | Wahlenbergia berteroi | |
| 148 | Magnoliopsida | Asterales | Campanulaceae | Herbáceo | Wahlenbergia fernandeziana | |
| 149 | Magnoliopsida | Asterales | Campanulaceae | Herbáceo | Wahlenbergia grahamiae | |
| 150 | Magnoliopsida | Asterales | Campanulaceae | Herbáceo | Wahlenbergia masafuerae | |
| 151 | Magnoliopsida | Asterales | Campanulaceae | Herbáceo | Wahlenbergia tuberosa | |
| 152 | Magnoliopsida | Asterales | Asteraceae | Arbustivo | Yunquea tenzii | Yunquea |
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